コウジには、たんばく質を分解し、アミノ酸やアミノ酸複合体であるペプチドを作るプロテアーゼも豊富です。
たんぱく質もでんぷんと同じように二段階に分かれて分解が行われ、それぞれ酸性プロテアーゼ、酸性カルポキシペプチターゼという異なる酵素が必要になりますが、コウジはその両方を盛んに産生します。
これらのほかにもコウジは、肪分解酵素や繊維分解酵素に加えて、オリゴ糖を作るα−グルコシダーゼや、グルタミン酸から、血圧降下やイテイラの解消に役立つとして注目を集めるギャバ (γ−アミノ酪酸)を作り出すグルタミン酸デカルポキシラーゼなどの酵素を生み出します。
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